为积极贯彻落实习近平总书记新时代生态文明思想和长江大保护战略，有力支撑长江流域高质量发展，南京市委、市政府联合南京大学、新型研发机构等优势科技资源，在生态环境部、江苏省委省政府指导下，建立了扬子江生态文明创新中心。
　　中心于2019年1月2日，在南京市创新名城建设推进大会上，由江苏省副省长马秋林揭牌成立。
　　中心已在江北新区研创园建成了占地面积20亩、建筑面积82000余平方的空间载体，集研发、展示、办公、产业孵化、人才培养等功能于一体，将于2019年底之前整体入驻。
建设目标
　　聚焦扬子江流域生态文明建设的重要战略需求，聚焦科学问题、工程技术和生态产业化三大战略任务，整合南京市、江苏省以及全国、全球优势环境科技资源，建成“政-产-学-研-用-金”深度融合的高水平科技创新平台，打造国内领先、国际一流的科技群、平台群、人才群和产业群，形成长江经济带生态文明建设可复制、可推广的“南京样板”，发展成为高水平科学研究中心、工程技术创新中心和生态产业化基地三位一体的国家技术创新中心，支撑南京市“创新名城、美丽古都”建设和长三角高质量发展。
总体思路
　　不断整合南京市环保领域新型研发机构，贯通学科、产业的创新链条，把中心建成生态科技创新的高地，创新要素集聚的载体，长江绿色发展的智库，科研成果转化的平台，体制机制改革的样板。预期通过三至五年建设，发展成为，打造成为南京市环保产业地标。

　　中心实行理事会领导下的主任负责制。理事会由江苏省政府、南京市政府、南京大学等单位相关负责人构成。